马铃薯青枯菌Po82菌株质粒基因组分泌蛋白信号肽的分析

摘要

应用计算机技术和生物信息学的方法,采用SignalP4.0、LipoP1.0、TargetP1.0.1、TMHMM2.0蛋白质分析软件对植物病原细菌Ralstonia solanacearum Po82质粒基因组的1680个ORFs编码的分泌蛋白信号肽氨基酸序列进行预测分析.结果表明,质粒基因组的1680个ORFs中有102个ORFs所编码的蛋白质具有N-端信号肽序列,包括85个Ⅰ型信号肽,1个Ⅱ型信号肽,15个Prepiin-like信号肽和1个细菌素和信息素信号肽,所有的分泌蛋白中具有RR-motif信号肽结构的有14个,且均为Ⅰ型信号肽.在102个具有可切割信号肽的分泌蛋白中,有50.98％的蛋白质为胞外分泌型(S型),33.33％为线粒体分泌型(M型),6.87％为叶绿体分泌型(C型),8.82％为其他类型的分泌蛋白.信号肽切割位点的氨基酸组成中非极性氨基酸为53.27％,极性氨基酸为18.79％,带负电荷的酸性氨基酸为19.12％,带正电荷的碱性氨基酸为8.82％o比较R.solanacearum GMI1000和R.solamacearum Po82质粒基因组信号肽类型的区别,发现这2种菌在信号肽类型上存在很大差异.文章通过对R.solanacearum Po82质粒基因组信号成分泌蛋白的研究,揭示了该病原菌与寄主互作的致病机制在长期进化中的独特地位.