红原鸡全基因组中微卫星分布规律研究

摘要

本文对红原鸡Gallus gallus全基因组中微卫星数量及分布规律进行了分析,查找到1～6个碱基重复类型的微卫星序列共282 728个,约占全基因组序列(1.1 Gb)的0.49％,分布频率为1/3.89 kb,微卫星序列的长度主要在12 ～ 70个碱基长度范围内.第1、2、3条染色体上微卫星分布频率较高,而32号染色体上无微卫星分布.不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,为184 192个,占总数的65.1％；其次是四、二、三、五、六碱基重复单元序列,分别占到总数的12.8％、9.7％、7.2％、4.6％、0.8％.T、A、AT、GTTT、AAAC、G、C、ATTT、AC、GT、AAAT、ATT、AAC、AAT、GTT、AG、CT、CTTI、AAAG、GTTTT、AAACA、AAGG、CCTT是红原鸡基因组中最主要的微卫星重复类型.本研究为红原鸡微卫星标记的分离筛选、遗传多样性的研究以及不同物种微卫星的比较分析奠定了基础.