人肝癌耐药细胞中差异表达微小RNA的筛选及生物学功能分析

摘要

目的通过生物信息学方法筛选人肝癌耐药细胞株Bel-7402/5-FU、Bel-7402/ADR与亲本细胞株Bel-7402差异表达的微小RNA(miRNA),分析差异表达miRNA的生物学功能。方法利用miRNA芯片分析亲本细胞和耐药细胞中miRNA的差异表达情况,筛选差异倍数较高的10个miRNA进行靶基因预测,对获取的靶基因进行GO富集分析、KEGG信号通路富集分析。采用实时定量PCR法验证差异表达显著的miRNA。结果与Bel-7402细胞比较,Bel-7402/5-FU细胞中存在58个差异表达miRNA,其中上调27个、下调31个;Bel-7402/ADR细胞中存在87个差异表达miRNA,其中上调17个、下调70个。对耐药细胞中差异倍数较高的10个miRNA进行靶基因预测,GO分析发现,这些靶基因主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控、生物合成过程正向调控和氮化合物代谢过程负向调控、酶结合、大分子复合物结合和核酸结合转录因子活性、高尔基体、催化复合物和转移酶复合物等过程;KEGG分析发现,靶基因富集通路涉及轴突引导、泛素介导的蛋白水解、PAR1通路、神经营养因子信号通路、MAPK信号通路、TGF-β信号通路。实时定量PCR检测结果显示,miR-31-5p、miR-4446-3p表达上调,miR-205-5p、miR-675-3p、miR-373-5p、miR-372-3p、miR-371a-3p、miR-675-5p、miR-10a-5p和miR-4532表达下调(P均<0.01),与基因芯片检测结果一致。结论肝癌耐药细胞中存在多种差异表达miRNA,这些miRNA可能通过靶基因介导PAR1通路、MAPK信号通路和TGF-β信号通路的异常参与肝癌耐药的发生发展。