HBx转染的肝癌Huh7细胞中差异表达mRNA、lncRNA筛选及其功能分析

摘要

目的 采用长链非编码RNA(lncRNA)芯片检测HBx转染的肝癌Huh7细胞中的mRNA和lncRNA,筛选差异表达mRNA和lncRNA,并分析其功能.方法 培养Huh7细胞,分为野生型HBx(HBx-FJ)组和pcDNA3.1组,分别转染pcDNA3.1-HBx-FJ、pcDNA3.1.采用lncRNA芯片检测两组Huh7细胞中的mRNA和lncRNA表达谱,以折叠倍率≥2.0、两组差异有统计学意义(P<0.05)、错误发现率<0.05判定为差异表达基因;用散点图和分层聚类分析差异表达的mRNA和lncRNA,结合GO分析和KEGG通路分析探讨差异表达mRNA参与的生物过程.选择6个关键mRNA在HBx转染的Huh7细胞中进行RT-qPCR检测,与芯片检测结果进行比对.结果 与pcDNA3.1组相比,HBx-FJ组表达上调mRNA 253个,表达下调mRNA 321个;表达上调lncRNA 1108个,表达下调lncRNA 1182个.散点图及分层聚类分析结果显示,HBx-FJ组细胞存在显著差异表达的mRNA和lncRNA.GO和KEGG通路分析显示,差异表达的mRNA主要参与离子通道、跨膜转运、抗原的处理和呈递及蛋白加工的调节等过程,参与转录失调、信号转导、钙信号通路等途径.RT-qPCR检测HBx转染Huh7细胞中的6个关键基因(ASAP3、CFTR、POSTN、CAM?TA1、ESRRG、ROBO1),结果与芯片检测结果变化趋势基本一致.结论 HBx转染的肝癌Huh7细胞中存在大量差异表达的mRNA、lncRNA,其中ASAP3、CFTR、POSTN、CAMTA1、ESRRG、ROBO1可能参与HBx对肝细胞肝癌的调控并发挥重要作用,主要参与离子通道、跨膜转运、抗原的处理和呈递及蛋白加工的调节等过程,以及转录失调、信号转导、钙信号通路等途径.