泡桐的microRNAs及其功能预测

摘要

以不同种(品种)泡桐叶片为材料,利用第二代高通量测序技术和生物信息学方法构建泡桐小RNA(sRNA)文库,并对其microRNA (miRNA)靶基因功能进行分析.结果表明:在得到的87 066 707条高质量reads 中,能与泡桐转录组完全匹配的有41 399 208条,占高质量序列的47.55％.sRNA长度主要分布在20 ～ 25 nt之间,其中,长度为24 nt的数量最多,其次为21 nt的sRNA.鉴定出的44个保守miRNA分属于14个不同miRNA家族,并且不同miRNA家族的miRNA成员数量也存在差异.对鉴定出的27个新miRNA进行靶基因预测及功能分析,结果为阐明miRNAs在泡桐生长发育过程中的作用奠定基础.