DNA条形码技术鉴定中国地方鸡品种的重新评估

摘要

[目的]探讨COⅠ基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性.[方法]以华南地区9种优质地方鸡(怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡)和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (cytochrome Coxidase subunit Ⅰ,COⅠ),同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COⅠ基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型.[结果]除去PCR引物序列,获得了695 bp COⅠ基因片段.根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp线粒体COⅠ基因序列进行分析.10个鸡品种203个个体共检测到11 0个变异位点,占分析位点的16.98％,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点.平均核苷酸多样性为0.00394(0.00349-0.00560),平均单倍型多样性为0.832(0.763-0.905),其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低.定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型.广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个.不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79.10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2.中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型.邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性.[结论]COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记.仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征.