猪淋巴细胞趋化因子XCL1的电子克隆和编码区序列RT-PCR验证

摘要

淋巴细胞趋化因子(XCL1)是C族趋化因子的一员,可由CD8+ T细胞、NK细胞、γδT细胞、肥大细胞等多种细胞产生,其趋化性主要作用于CD8+T细胞和NK细胞.根据猪的EST数据库中猪XCL1基因序列,设计引物采用RT-PCR的方法从猪胸腺中扩增猪XCL1全基因序列,将其连接到pMD-19T载体上并测序,得到猪XCL1基因(GenBank登录号为EU743945).猪XCL1 cDNA大小为333 bp,编码由110个氨基酸残基组成的多肽.该多肽序列含Chemokine-C、Chemokine、Chemokine-CC和SCY等功能域,与羊和人的氨基酸序列相似率分别为81.6%和68.4%.预测分析其为分泌蛋白,信号肽剪切位点在21A和22V.猪XCL1基因定位于猪4号染色体(CU468871),基因结构与人XCL1的相似,都由3个外显子组成.该基因ORF翻译起始处基本符合Kozak规则,ORF起始密码子上游同一相位有终止密码子,ORF后有1个加尾信号,预测得到4个可能的启动子,可能性高达85%～98%.总之,通过电子克隆与试验验证,成功地克隆了猪新基因XCL1.