石斛SSR标记的开发及可转移性分析

摘要

当前已开发的石斛（Dendrobium）SSR标记仅100余对，难以满足研究的需要。为开发更多石斛分子标记，本研究通过生物信息学方法从公共核酸数据库搜索石斛SSR。结果表明，GenBank收录的3599条石斛DNA序列经拼接获得1343条Uni—DNA序列。经搜索，共检测出283个SSR，分布于205条Uni—DNA序列，平均每2815bp含一个SSR。通过序列比对，剔除86条已开发引物的SSR—DNA序列，从剩余的119条序列设计76对引物，并在石斛属32个种间进行可转移性分析，结果显示47对引物得到有效扩增，种间可转移率为51．1％N95．7％，平均为75．9％。有效扩增引物中有46对在石斛种间具多态性，检测出等位基因数2～8个，平均4．0个。选取10对多态性引物扩增60份铁皮石斛资源，每对引物检测出等位基因数2～5个，平均3．4个。根据SSR扩增带型将60份铁皮石斛资源聚为5大类，同一类型内的表型较类群间接近。对DMl21扩增产物测序表明铁皮石斛种内的SSR等位变异由SSR重复次数差异造成，而石斛种间的SSR等位变异还包含SSR位点侧翼序列的插入缺失以及替换。