茶树EST-SSRs信息分析

摘要

从NCBI公共数据库中公布的茶树表达序列标签中获得12 378条茶树EST,通过CAP3软件进行拼接去冗余后再用Bathprimer3 v1.0(http://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/)在线软件查找微卫星(Microsatellite,SSR)重复序列.结果表明:通过前处理得到全长为2 307.014 kb的无冗余EST 4 779条,从中检索出27种重复基元类型共207个SSR,分布于156条EST,中,出现频率是3.26%.其中包括二核苷酸重复72个(34.78%),三核苷酸重复88个(42.51%),四核苷酸重复31个(14.98%),五核苷酸重复16个(7.73%).AG/CT和ACC/GGT分别是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的86.11%和25.00%.