南药青天葵转录组SSR位点信息分析

摘要

以青天葵全转录组测序获得的142 220条unigene为试材,采用MicroSAtellite (MISA)软件分析青天葵简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)的分布频率和重复基元的类型等特征,利用Primer 5.0对符合鉴定要求的SSR基元进行引物设计,并通过SSRFinder校验SSR引物,以期为青天葵遗传多样性分析、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等种质资源研究提供参考依据.结果表明:在青天葵转录组共检测到分布在5 223条unigene上的5 684个SSR位点,SSR发生频率为3.67％,分布密度为1/13 kb.二核苷酸重复为青天葵SSR主要基元类型,其中AG/CT和AT/AT基序出现频率最高,占SSR总数的52.9％.设计筛选得到2 486条SSR引物.青天葵转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高.