大花序桉顶芽转录组SSR位点信息分析

摘要

[目的]分析珍贵用材树种大花序桉转录组SSR位点信息,旨在为开发新的大花序桉功能基因相关的多态性SSR标记提供理论基础.[方法]以2年生大花序桉顶芽为试验材料,基于Illumina HiSeq X Ten高通量测序技术平台获得其转录组序列数据,利用MISA软件对全部无冗余Unigene序列进行SSR位点检索和分析,并使用Primer 3软件进行SSR引物设计,以研究大花序桉顶芽转录组中的SSR位点分布特征及多态性标记开发潜力.[结果]大花序桉26587条转录组Unigene中共获得12366个SSR位点,分布在8218条Unigene序列中,SSR位点出现频率为46.51％,分布密度为平均每2.75 kb含有1个SSR位点;大花序桉顶芽转录组全部SSR位点中共发现116种重复基元类型,其中二、三核苷酸为主要重复基元类型,各占SSR总数的46.60％和34.20％;除了单碱基重复基元类型,AG/CT和CCG/CGG为优势重复基元,分别占44.94％和12.53％;SSR基元重复次数以低重复次数(5～10次)为主(71.28％),其次为11～15次重复(21.48％);SSR基序平均长度为19.7 bp,63.75％的基序长度集中于12～20 bp之间;符合引物设计要求且重复片段长度≥20 bp以上的低重复基元(二三核苷酸重复)类型SSR序列共1993个,占总序列的16.12％;试验随机筛选合成了24对引物,可扩增出清晰且符合预期条带大小的引物共14对,扩增效率为58.33％.[结论]大花序桉顶芽转录组SSR位点发生频率高,分布密度大,重复基元类型丰富,引物扩增效率高,多态性标记开发潜力大,在大花序桉及其他桉树的群体遗传学研究、分子标记辅助育种以及遗传图谱绘制中有较大应用前景.