豫西黑猪线粒体COXI基因的扩增和系统发生分析

摘要

豫西黑猪作为一个极具发展潜力的地方品种,其种质资源面临着基因混杂的风险。通过对豫西黑猪的线粒体COXI基因进行PCR扩增、测序,并与其他22种不同猪种的COXI基因进行序列比对,采用最大似然法(ML法)和邻接法(NJ法)建立系统发育树,探究其与其他猪种之间的遗传变异及种系发育关系。结果表明,23个猪种该基因序列保守位点和变异位点分别占总位点的96.5%和3.5%,不同猪种间线粒体COXI基因的相似度均在96.5%以上。豫西黑猪线粒体COXI基因表现出明显A、T碱基偏好性。系统发育树和遗传距离结果显示,豫西黑猪种内遗传距离较近,并且与杜洛克猪的遗传距离较近,说明豫西黑猪与杜洛克猪之间存在基因混杂情况。