利用不同G+C含量细菌基因组评估细菌ncRNA基因预测工具

摘要

[目的]为识别已完成全测序细菌基因组中的ncRNA基因,对3个常用ncRNA预测工具sRNAPredict、PORTRAIT和sRNAscanner进行评估.[方法]选择了细菌ncRNA数据库BSRD收录的含有已知ncRNA基因数目大于30的9个细菌基因组,并按基因组G+C含量进行分类,比较sRNAPredict和PORTRAIT工具的预测准确性.提取不同G+C含量基因组中ncRNA基因转录起始和终止区的序列特征,对sRNAscanner预测结果进行评估.[结果]sRNAPredict对细菌ncRNA基因的预测特异性和阳性检出率均高于PORTRAIT,而敏感性则较差;两种工具预测效果均随基因组G+C含量不同而产生明显变化.在不同G+C含量的细菌基因组中,ncRNA基因启动子和终止子区域的序列特征有明显差异.利用这些序列特征能提高sRNAscanner预测ncRNA基因的平均水平.[结论]3种ncRNA基因工具预测效果随基因组G+C含量变化而不同.不同G+C含量基因组中ncRNA基因的转录起始和终止区特征可作为ncRNA基因预测的重要参数之一.