乳腺癌脑转移相关基因的生物信息学分析

摘要

目的:通过生物信息学挖掘乳腺癌脑转移中关键基因,为乳腺癌脑转移的预防和治疗提供理论依据。方法:从GEO数据库下载乳腺癌脑转移相关数据集(GSE52604、GSE26338、GSE43837、GSE100534)基因表达谱。GEO2R分析乳腺癌原发肿瘤与脑转移瘤差异表达基因,韦恩图筛选4个数据集中共表达差异基因(DEGs),UALCAN和乳腺癌基因表达Miner分析差异基因与肿瘤分期、肿瘤病理分级的相关性,Kaplan-Meier与cBioPortal分析差异基因对预后的预测价值,TIMER分析差异基因与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。结果:血小板源性生长因子受体α(PDGFRA)、皮连蛋白(DPT)和软骨间层蛋白(CILP)为共表达下调差异基因,PDGFRA和CILP与肿瘤分期显著相关(均P<0.05),DPT和CILP与肿瘤病理分级明显相关(均P<0.001)。预后分析中,DPT和CILP下调与乳腺癌脑转移的总生存率(OS)显著相关(均P<0.05),PDGFRA、DPT和CILP共突变与乳腺癌脑转移的OS显著相关(均P<0.05),PDGFRA、DPT和CILP与肿瘤中CD4+T细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润明显相关(均P<0.01)。结论:PDGFRA、DPT和CILP差异基因与免疫细胞浸润相关可能是乳腺癌脑转移的分子机制,可以作为乳腺癌脑转移的预测和预后指标。