HCV相关肝硬化关键基因的交互分析

摘要

目的使用生物信息学方法挖掘丙型肝炎病毒(HCV)相关肝硬化(HCV-Cirr)的关键基因并探索其作用机制。方法通过分析数据集GSE14323和GSE40744,筛选在HCV-Cirr形成过程中存在表达差异的基因(DEGs)和miRNA(DEMs),使用miRnet数据库预测DEMs的靶基因并与DEGs取交集得到候选基因,使用NetworkAnalyst数据库进行基因的富集分析,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白交互网络(PPI)和模块分析。结果共得到66个候选基因;GO和KEGG通路富集分析显示,候选基因主要富集在对各种因素刺激的反应、细胞外区域、脂质结合,并主要参与了MAPK信号通路、粘着斑通路;基于PPI网络得到10个关键基因(MMP2、CCL2、JUN、COL1A1、CAV1、TIMP3、SPARC、COL4A2、FBN1、FOS),均为在HCV-Curr中表达上调DEGs,其中CAV1、SPARC、FBN1、FOS为HCV-Cirr中表达下调的hsa-miR-192-5p的靶基因。结论最终筛选出4个核心基因及其上游的调控miRNA,这些基因可能用于HCV-Cirr的早期诊断和治疗。