超级杂交稻乙烯反应元件结合蛋白cDNA的生物信息学分析与克隆

摘要

目的:从超级杂交稻中克隆乙烯反应元件结合蛋白(EREBP)的cDNA.方法:利用模式植物拟南芥中编码乙烯反应元件结合蛋白的cDNA,对现有的水稻基因组数据库进行搜索,获得一条高同源的未知序列.对这条未知序列的核酸序列和蛋白质序列及其结构、性质、功能等进行生物信息学分析后,以超级杂交稻为材料,用未知序列设计一对简并引物,用RT-PCR技术扩增后进行T-A克隆.结果:生物信息学分析结果表明,这个未知序列应为水稻中编码EREBP的cDNA;克隆后经测序获得一条915 bp的cDNA,BLAST表明这条cDNA序列与未知序列的部分核酸序列的同源性达到了99%;提交NCBI的GenBank后被接受,登录号为EF507537.结论:以生物信息学分析为基础,结合RT-PCR和T-A克隆技术,成功地从超级杂交稻中克隆了EREBP cDNA.