超级杂交稻两优培九EREBP cDNA的生物信息学分析与克隆

摘要

超级杂交稻是在我国种植面积极广的一种粮食作物，目前我国的超级杂交稻在超高产育种领域已取得了令世界瞩目的成就。乙烯反应元件结合蛋白与植物生长发育、抗病和抗逆性等一些重要生理生化反应的基因调控有着密切的关系，近年来已成为研究的热点，并取得了一定进展。生物信息学结合分子生物学、遗传学等生物技术手段，为研究乙烯反应元件结合蛋白提供了帮助。 本研究以生物信息学的分析为基础，利用模式植物拟南芥中编码乙烯反应元件结合蛋白的cDNA，对现有的水稻基因组数据库进行搜索，获得一条高同源的未知序列。通过对这条未知序列的核酸序列和蛋白质序列、结构、性质、功能等方面的一系列生物信息学分析，表明未知序列应为水稻中编码乙烯反应元件结合蛋白的eDNA。以超级杂交稻为材料，提取总RNA并反转录成eDNA，用未知序列设计一对简并引物，经PCR扩增出编码乙烯反应元件结合蛋白的eDNA片段，eDNA片段经T-A克隆后进行测序，获得一条长915bp的eDNA片段，BLAST表明未知序列的部分核酸序列与AK119885的同源性达到了99％。提交NcBI的GenBank后接收，登录号为EF507537。

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第一章文献综述

1植物中乙烯的生理作用及生物合成

1.1乙烯的生理作用

1.2乙烯的生物合成

2植物中乙烯信号的传递

2.1乙烯信号的接受与转导

2.2乙烯反应元件结合蛋白的研究

3问题与展望

4本研究拟解决的问题

5本研究的创新之处

第二章生物信息学分析

1核酸序列检索

1.1模式植物的核酸序列检索

1.2水稻的核酸序列检索

2核酸序列的同源性比对

3蛋白质一级结构的预测

3.1氨基酸序列的推测

3.2蛋白质的同源性比对

4蛋白质高级结构的预测

4.1蛋白质二级结构的预测

4.2蛋白质三级结构的预测

5蛋白质的性质与功能预测

5.1蛋白质的疏水性预测

5.2蛋白质的跨膜区预测

5.3蛋白质的信号肽预测

5.4蛋白质的功能预测

6系统进化分析

7小结

第三章超级杂交稻EREBPcDNA序列的克隆

1材料与试剂

1.1植物材料

1.2菌株

1.3酶与试剂盒

1.4试剂

2实验方法

2.1总RNA的提取及其质量检测

2.2用RT-PCR的方法获得EREBP cDNA片段

3结果与分析

3.1提取的总RNA的完整性检测

3.2 EREBP cDNA片段的RT-PCR扩增

3.3 EREBP cDNA片段的克隆

4小结

第四章结论

1结论

2后续研究设想

参考文献

附录

致谢

作者简历