基于变长子串的DNA重复序列预归并屏蔽方法

摘要

针对DNA序列拼接中的重复序列识别及屏蔽问题,通过对前期定长子串方法的改进,提出了一种基于变长子串的新算法。新算法在扫描shotgun集合时,可以搜集到任意长度子串的重复信息,进一步精确定位重复序列位置;然后利用变长子串信息对相应的shotgun片段进行预归并,缩减shotgun集合规模。计算机模拟分析表明,新算法识别重复序列较之定长子串方法精确度更高,并可以有效降低拼接时的计算复杂度。