Folding Behaviors of Purine Riboswitch Aptamers

摘要

大多数 riboswitches 被二个部件，合拢进一个唯一的 ligand 绑定衣袋与 ligand 交往的 aptamer 域，和变换在基因表示在 aptamer 合拢变化进变化的一个表达式平台描绘。用最近开发了系统的基于螺旋的计算方法，我们理论上学习了从 guanine riboswitch 和 Vibrio vulnificus 增加的杆菌 subtilis xpt-pbuX 合拢嘌呤 riboswitch aptamers 的行为的 refolding 和 co-transcriptional 腺嘌 riboswitch。尽管有为两 aptamers 接着在抄写， helices P2， P3 和 P1 褶层期间坚持一短时间的几中间的结构。尽管一些错误褶层结构在 refolding 过程期间被观察， RNA 能合拢进在一些秒以内包含 helices P2， P3 和 P1 的 ligand 绑定衣袋结构，建议 aptamer 领域高度被发展。嘌呤 riboswitch aptamers 能快速甚至以高抄写速度合拢进 ligand 绑定衣袋结构，可能因为这结构的形成是必要前提让 riboswitch 绑它的 ligand 然后调整相关基因表示。