GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法

摘要

介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法,分析了制约GROMOS96性能的原因,并提出一种优化的算法,将邻域原子搜索的时间复杂度从O(N2)降低到0(NlogN);同时并行化了GROMOS96算法,并进一步在国产曙光并行机上开发了基于MPI的软件,证实了性能的改进.