黄鳍棘鲷SNP标记开发与验证

摘要

文章以我国东南沿海重要的经济鱼类黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)为研究对象,通过对50尾野生黄鳍棘鲷基因组重测序开发单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,并利用MassARRAY^(■)质谱分析系统对部分SNP标记进行验证。研究结果如下:1)50尾野生黄鳍棘鲷重测序共产生约233.48Gb原始数据(raw data),过滤接头和低质量数据后,共获得233.43Gb数据,每个样品平均数据量为4.67Gb,平均鸟嘌呤胞嘧啶(guanine cytosine,GC)含量为42.85%,Q20在96.56%以上,Q30在91.1%以上,过滤后数据与参考基因组的比对率为98.06%~99.47%;2)通过基因分析工具(genome analysis toolkit,GATK)分析,从50个个体中共挖掘出13843766个SNP,经过滤后获得6501个高质量SNP;3)从高质量的SNP标记中,随机挑选30个SNP使用MassARRAY技术进行分型,其检出率(可以分型的位点)为98%,MassARRAY分型结果与基因组重测序分型结果一致率为64.83%,这说明两种技术在SNP分型方面存在差异。综上所述,本研究初步建立了黄鳍棘鲷SNP标记挖掘、过滤与验证的方法,开发的SNP位点可用于后续黄鳍棘鲷增殖放流效果评估及基因组选择育种研究。