淡水养殖凡纳滨对虾生长相关基因HDAC1克隆及其表达分析

摘要

【目的】分析组蛋白去乙酰基酶1基因(HDAC1)在不同淡水生长特性家系凡纳滨对虾中的表达情况,明确HDAC1基因在对虾淡水养殖过程中的功能作用,为揭示凡纳滨对虾生长调控的分子机制提供参考依据。【方法】通过RACE克隆凡纳滨对虾HADC1基因cDNA序列,利用DNAMAN、ProtParam、ProtScale、PSORT等在线软件进行生物信息学分析,以实时荧光定量PCR检测凡纳滨对虾HDAC1基因组织表达特征;选取4个家系凡纳滨对虾在1‰盐度下进行淡水养殖,养殖70 d后统计对虾存活率(RS)、日增重率、体长日增率、特定生长率(SGR)及饲料转化率(FCR),并利用实时荧光定量PCR检测凡纳滨对虾肠道中的HDAC1基因表达情况。【结果】凡纳滨对虾HDAC1基因c DNA全长3230 bp,包括67 bp的5’非编码区(5’-UTR)、1711 bp的3’非编码区(3’-UTR)及1452 bp的开放阅读框(ORF),共编码483个氨基酸残基;HDAC1基因DNA全长4692 bp,含有8个外显子和7个内含子。凡纳滨对虾HDAC1基因编码蛋白分子量为54640.22 Da,理论等电点(p I)为5.59,属于稳定的亲水性蛋白,具有1个Histone deacetylase 1结构域,无跨膜结构。凡纳滨对虾HDAC1氨基酸序列与斑节对虾HDAC1氨基酸序列的相似性最高,达99.79%。HDAC1基因在凡纳滨对虾各组织中均有表达,以在肠道中的相对表达量显著高于在其他组织中的相对表达量(P<0.05);在4个家系群体中,无论是大虾还是小虾,生长慢的群体中HDAC1基因相对表达量较低,生长快的群体中HDAC1基因相对表达量较高。【结论】HDAC1基因在凡纳滨对虾各组织中均有表达,以肠道中的相对表达量最高,且HDAC1基因相对表达量与凡纳滨对虾的生长速度成正比,故推测其参与凡纳滨对虾的生长调节过程。