甘蔗MAP激酶基因SoMAPK克隆与生物信息学分析

摘要

【目的】克隆甘蔗MAP激酶家族新基因的全长序列，为了解甘蔗抗逆胁迫机制提供依据。【方法】以新台糖22为材料，提取甘蔗幼叶总RNA并反转录为cDNA；利用已知物种MAP激酶基因核苷酸序列保守区设计引物，采用5’和3’端RACE技术克隆新基因全长，并进行生物信息学分析。【结果】克隆获得的甘蔗新基因与玉米ZmMAPK4同源性很高，达92．6％，将该基因命名为soMAPK4（登录号JQ062930），基因全长1499bp，其中开放阅读框（0RF）为1128bP，5’非翻译区（UTR）为218bp，3’非翻译区（UTR）为213bp。生物信息学分析结果表明，S0MPK4基因编码一个含376个氨基酸的蛋白质，分子量约43．5kDa，等电点为5．51，含有11个保守的蛋白激酶亚区和MAP激酶的磷酸化位点TEY基序。【结论】克隆获得甘蔗MAP激酶新基因soMA雕4，该基因可能参与多种胁迫反应的信号传递，是研究甘蔗非生物胁迫和生物胁迫过程中信号传递的一个关键因素。