基于cDNA-SCoT差异显示的甘蔗应答水分胁迫基因表达谱分析

摘要

【目的】研究甘蔗应答水分胁迫差异基因表达,进一步探究甘蔗应答水分胁迫的分子机制,为开展甘蔗抗旱综合性遗传改良研究提供科学依据。【方法】选用GT11为材料,分别构建对照、干旱、复水3个处理总RNA混合池,使用cDNA-SCoT差异显示构建GT11伸长期应答水分胁迫的基因表达谱,筛选、分离TDFs进行测序,在NCBI数据库进行BLAST同源性检索,根据同源基因推测基因功能。【结果】通过42条SCoT引物筛选得到180个TDFs,有100个TDFs与NCBI数据库中已录入的基因具有较高的相似性,根据同源基因功能可分为14类：新陈代谢相关基因（11个）、能量代谢相关基因（12个）、运输途径相关基因（5个）、通信及信号转导相关基因（6个）、细胞循环及DNA加工相关基因（3个）、转录调控因子相关基因（3个）、蛋白质合成相关基因（17个）、蛋白质加工相关基因（1个）、结合功能蛋白相关基因（7个）、环境互作相关基因（3个）、转座子、毒性及质粒蛋白相关基因（5个）、细胞成分生物合成相关基因（1个）、防御相关基因（4个）和未知功能蛋白基因（22个）。【结论】甘蔗应答水分胁迫调节途径具有多样性、复杂性、协调性和网络性;应用cDNA-SCoT差异显示筛选获得水分胁迫相关TDFs,可为进一步研究甘蔗应答水分调控途径的分子机理提供重要信息。