黄连中抗肿瘤生物碱的计算机虚拟筛选研究

摘要

运用计算机辅助药物设计寻找黄连抗肿瘤生物碱成分.以“黄连”为关键词,在TCMSP数据库中搜索生物碱类化学成分,从Pubchem数据库下载相应化合物结构;再从蛋白质数据库中下载与抗肿瘤作用明确的17个靶点蛋白,采用Sybyl软件中蛋白质预处理工具确定活性区域,应用Surflex-dock模块对小分子与靶蛋白进行分子对接,通过Total Score打分函数筛选出活性成分,采用Discovery Studio软件分析结合最好的蛋白复合体的相互作用力.筛选出具有较好结合活性的化合物9个,其中非洲防己碱、巴马亭、N-反式-阿魏酰酪胺具有多靶标活性;蛋白复合体的分析结果显示氢键、疏水作用力在对接中发挥着重要作用.