毛籽红山茶叶绿体基因组特征及其系统发育分析

摘要

【目的】对毛籽红山茶(Camellia trichosperma)叶绿体全基因组进行序列特征分析并构建系统发育树,判断其分类学地位。【方法】基于高通量测序技术对毛籽红山茶叶绿体全基因组进行测序、组装、注释和序列特征分析及构建系统发育树。【结果】毛籽红山茶叶绿体全基因组长度为156605 bp,具有典型的四分体结构,其IR区GC含量最高,为40.5%。通过注释预测到87个蛋白质编码基因,36个tRNA基因以及8个rRNA基因。简单重复序列(SSR)检测表明,叶绿体基因组包含68个SSR位点,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸数量分别为48、4、1、3和12。密码子偏好性分析发现亮氨酸密码子使用率最高,色氨酸使用率最低。【结论】毛籽红山茶与红山茶组(Sect.Camellia)的山茶(C.Japonica)和浙江红山茶(C.Chekiangoleosa)亲缘关系较近,但与同组的滇山茶(C.Reticulata)和南山茶(C.Semiserrata)亲缘关系较远。