噬菌体基因文库控制元件测定的并行处理方法

摘要

在噬菌体基因文库的研究中,理解基因的表达机制占有重要的地位,其中最为重要的一个环节是控制元件的测定,目前大部分控制元件测定方法都是基于基因结构的概率模型。介绍了一种不依赖于任何实验数据和先验数据的噬菌体基因文库控制元件测定方法,采用字符串模式匹配算法扫描噬菌体基因序列,发现并提取出重复频度高的子序列(可能的控制元件),但该方法计算复杂度为O(N2)。为了提高对基因序列的控制元件测定效率,进一步提出了该算法在局域网环境下的并行处理解决方案,实验表明这种基于数据分割的并行处理方法极大的加快了序列处理速度,进而扩大了算法的应用范围。