马身猪ZNF280D基因新型剪接体的鉴定及生物信息学分析

摘要

[目的]本试验旨在探究马身猪中锌指蛋白(zinc finger protein)ZNF280D基因的剪接体类型。[方法]在猪转录组测序对ZNF280D基因剪切位置预测的基础上,采用RT-PCR和克隆测序技术对预测的剪切位点进行验证,检测该基因不同剪接体的结构并进行生物信息学分析。[结果]共检测到2个剪接体,分别是ZNF280D1和ZNF280D2,ZNF280D1为该基因的常规转录本,ZNF280D2第8外显子5'端大部分缺失。ZNF280D1含有3个C2H2型锌指结构域,属tC2H2型锌指蛋白,ZNF280 D2含有4个C2H2型锌指结构域,属maC2H2型锌指蛋白。[结论]ZNF280D2与DNA的亲和力大于ZNF280D1。