转录组测序数据中cSNP和表达差异基因的分析方法

摘要

目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测序(RNA-Seq),将测序数据与参考基因组进行比对,对测序的reads数、测得的基因数、MKN28和SGC7901中各自表达上调的基因数、SNP数及可变剪接形式进行统计学分析。运用在线的软件和数据库并结合计算机编程,对2株胃癌细胞系转录组测序数据中的SNP进行筛选和功能预测;对2株细胞中表达差异基因GO聚类结果进行分析比较。结果筛选并预测了8种类别709种基因的SNP,分析出了6个经预测能够导致蛋白功能改变的SNP位点。对表达差异基因的分析得到了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶在2株细胞中的表达情况;经Western blotting和PCR验证了部分分析结果。结论确立了1种转录组测序后cSNP数据的分析方法,该方法能够对大量SNP数据进行高效筛选和分析;通过聚类分析后再比较得到了一组在MKN28中高表达而在SGC7901中低表达的蛋白激酶基因;这些结果为后续实验提供了依据。