人体脑组织福尔马林固定石蜡包埋样本中长链非编码RNA的提取及定量分析方法

摘要

目的·比较脑组织新鲜样本和福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)样本中RNA的质量,并分析长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)的表达情况。方法·收集不同保存条件下的FFPE及成对新鲜脑组织,提取并检测RNA质量,运用实时定量PCR(RT-q PCR)分析各RNA指标的扩增效率和表达稳定度,筛选内参指标并对比不同扩增长度候选指标的△Ct值改变情况,以明确FFPE样本中lnc RNA真实表达水平。结果·FFPE样本中RNA纯度相对较高,但完整性明显低于新鲜样本。所有指标均成功扩增,长链RNA的扩增效率与产物长度、样本处理方式、保存温度及保存时间有关,而5S、mi R-9及mi R-125b扩增效率均接近理想状态并在所有样本中稳定表达,适合作为内参指标。与新鲜样本相比,在4℃保存的FFPE样本中,只有HAR1F和MALAT1-L(>200 bp)的△Ct值升高;在室温保存的FFPE样本中,多数指标的△Ct值显著增加,但是短扩增(<60 bp)指标在所有样本中表达一致。结论·尽管处理方式和保存条件会影响组织RNA的完整性,但通过选择合适的扩增长度及内参指标,能够准确定量FFPE组织中lnc RNA的表达水平。