浸润性乳癌PBMC核心基因分析及mRNA-miRNA-lncRNA网络构建

摘要

目的寻找浸润性乳癌病人外周血单个核细胞(PBMC)的核心(HUB)基因,并构建mRNA-miRNA-lncRNA网络,探讨浸润性乳癌诊疗新靶点。方法基于对基因表达综合数据库(GEO)的数据分析,获取浸润性乳癌病人术前PBMC的表达谱。应用GEO2R在线工具筛选差异基因,DAVID工具进行GO功能注释分析和KEGG信号通路分析,STRING数据库构建差异基因蛋白互作(PPI)网络,CytoScape工具筛选HUB基因。应用mirDIP与starbase工具预测HUB基因上游的miRNA以及lncRNA并构建对应关系网络。结果获得差异基因87个,其中上调基因59个,下调基因28个。差异基因的本体功能主要富集在血红蛋白复合物、胞浆组分、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等方面,KEGG通路主要与类风湿性关节炎、单纯疱疹病毒感染、破骨细胞分化、甲型流感病毒感染等相关。共获得4个HUB基因ALAS2、EGR1、FOS、DUSP1,并预测到符合标准的7个miRNA及20个lncRNA。结论本研究获得了浸润性乳癌病人的PBMC差异基因与HUB基因、可视化mRNA-miRNA-lncRNA网络,为通过PBMC对浸润性乳癌进行诊治提供可靠的理论基础与方向。