稻虾模式下克氏原螯虾组织及其养殖环境菌群多样性

摘要

采用基于Illumina Hiseq的高通量测序技术,对稻虾共作模式下克氏原螯虾(procambarus clarkii)肠道、肝胰腺、鳃及其养殖池塘水体、底泥中菌群多样性进行了研究.测序结果显示,5个样品共获得有效序列393519条,抽平后(48659)聚类于7223个分类操作单元(Operational Taxonomic Units,OTU),归属于克氏原螯虾肠道、肝胰腺、鳃、养殖水体、池塘底泥样品的OTU个数分别为1447、1559、831、741和2064,其中共有OTU 248个.Al-pha多样性分析显示底泥、肝胰腺和肠道多样性指数较高,鳃和水体多样性指数较低.物种注释结果显示,克氏原螯虾肠道中优势细菌种类为厚壁菌门(42.16％)、变形菌门(13.78％)和柔膜菌门(13.07％);肝胰腺优势细菌种类为厚壁菌门(54.52％)、变形菌门(10.69％)和放线菌门(10.6％);鳃优势细菌种类为变形菌门(91.54％)、拟杆菌门(3.34％)和厚壁菌门(2.72％);水体优势细菌种类为放线菌门(46.31％)、变形菌门(33.33％)和拟杆菌门(13.47％);底泥优势细菌种类为变形菌门(40.18％)、绿弯菌门(18.14％)和厚壁菌门(9.88％).此外,在属水平上各样品中的优势细菌种类差异较大.主坐标分析(Principal coordinates analysis,PCoA)分析发现底泥、肝胰腺、肠道微生物群落结构相似度较高,水体、鳃与其他样品微生物群落结构相似度较低.试验结果表明:克氏原螯虾肠道、肝胰腺、鳃与其养殖环境中菌群结构存在着一定的相关性,但各样品优势菌群差异较大.