SARS-CoV与SARS-CoV-2结构蛋白辅助T细胞表位的预测及比较

摘要

目的通过预测分析严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)与SARS-CoV-2结构蛋白中潜在的辅助性T细胞(Th细胞)表位,为新型冠状病毒疫苗的开发设计寻找合适的靶点。方法在美国国家生物技术信息中心的GenBank数据库中检索SARS-CoV与SARS-CoV-2病毒的参考序列,利用序列对比软件MEGA7和GeneDoc对2种病毒的刺突蛋白(S蛋白)、包膜蛋白(E蛋白)、膜蛋白(M蛋白)和核衣壳蛋白(N蛋白)的氨基酸序列进行比较分析。利用SYFPEITHI、IEDB和NetMHCIIpan在线生物信息学工具预测筛选SARS-CoV和SARS-CoV-2可能的Th细胞表位,并在此基础上寻找2种病毒同源的潜在表位。最后利用ProtScale对含同源表位的蛋白质进行疏水性分析比较。结果2种病毒S蛋白同源性为75%,其他蛋白同源性分别为E蛋白94%、M蛋白90%及N蛋白90%。在线软件预测到SARS-CoV-2有22个潜在的Th细胞表位,SARS-CoV有25个潜在的Th细胞表位。进一步对比获得2对完全同源表位和6对高度同源表位,位于3对蛋白中,且ProtScale对比分析2种病毒相应蛋白的疏水性差异微小。结论对比分析得到8对完全同源或高度同源表位,且含差异氨基酸的对应肽段疏水性差异较小,同源性较高的Th细胞表位可考虑作为SARS-CoV-2疫苗设计的候选表位。