基于TCGA/GEO数据库对lncRNA在口腔鳞状细胞癌中甲基化水平及预后相关性的分析

摘要

目的:探讨lncRNA异常甲基化与口腔鳞状细胞癌预后的关系。方法:从TCGA和GEO数据库中获取口腔鳞状细胞癌甲基化数据及表达数据,采用R软件的CHAMP包对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析,R软件的DESeq2包对表达数据进行差异表达分析。利用GENCODE 28V探针进行甲基化注释,Cox回归分析及GSE52793芯片验证获得预后相关lncRNA。Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素分析、接受者工作特征曲线(Receiver Operation Characteristic,ROC)等评估影响预后的因素。结果:4种lncRNA SFTA1P,AL049775.2,KCNMB2-AS1和AL445250.1在口腔鳞状细胞癌中表现为高甲基化,生存分析显示,所有4种lncRNA在OSCC中均具有临床预后价值。结论:SFTA1P,AL049775.2,KCNMB2-AS1和AL445250.1的甲基化水平与口腔鳞状细胞癌预后有关。