千里光茎和叶的差异表达基因分析

摘要

以千里光(Senecio scandens Buch.?Ham.ex D.Don)强抗菌性植株SC-32为研究对象,分别提取其茎和叶的总RNA,经质量检测合格后构建cDNA文库,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对千里光茎和叶的cDNA文库进行转录组测序,筛选差异表达基因,并运用Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG数据库对差异表达基因进行功能分析.结果表明:从千里光茎和叶的cDNA文库中分别获得26147016和26996119个clean reads,Q30值分别为95.17％和94.74％,说明其转录组测序结果良好.从千里光的茎和叶中共筛选到10991个差异表达基因,以茎中差异表达基因的表达量为准,叶中上调的差异表达基因有5542个,下调的差异表达基因有5449个.千里光的茎和叶中共有7683个差异表达基因被GO功能注释成生物过程、细胞组分和分子功能3个大类53个亚类,且这些差异表达基因与信号传导途径、次生代谢过程、细胞组分合成和酶催化活性等密切相关.KEGG代谢通路分析结果表明:共有4527个差异表达基因,涉及50个代谢通路,主要参与碳代谢、氨基酸生物合成及淀粉和蔗糖代谢.研究结果显示:千里光茎和叶的差异表达基因具有器官特异性,并且,其茎和叶的分化和形成与多糖和蛋白质累积密切相关.