应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

摘要

cqvip:富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株。通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性。经过遗传变异检测,共获得SNP位点491 189个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率0.05筛选以后,得到有效SNP位点41 077个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对富民枳完成了群体的遗传多样性分析,研究分析了富民枳天然种群和回归种群的私人等位基因数目、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、核苷酸多样性(π)和平均近交系数(FIS)5个遗传多样性参数。结果表明,富民枳现存植株的遗传多样性较高,具有很高的遗传资源保存价值,但是回归种群的Ho值、He值、π值分别为0.398 3、0.291和0.330 6,分别仅是天然种群遗传多样性的87%、78%和73%,并未达到90%以上遗传多样性的标准。