偏肿革裥菌系统发育与Lg-mnp2和Lg-mnp3基因克隆及结构特征

摘要

白腐菌偏肿革裥菌Lenzites gibbosa能分泌降解木质素的锰过氧化物酶(MnPs),为进一步鉴定试验菌株,对菌株L.gibbosa CB1进行了ITS序列(GenBank登录号为JF279440)扩增与测序,并进行了基于ITS序列的比对与系统发育分析,结果表明CB1与桦革裥菌L.betulina和栓菌属Trametes等相关白腐菌的亲缘关系较近而聚类在一起,并与24个同种其他菌株的ITS序列覆盖度在85％～97％期间内的相似性都为99％,说明该菌株为偏肿革裥菌.为了获得该菌株多个编码MnP家族的基因,从而为研究MnP基因的表达调控奠定序列结构的基础,根据已知白腐菌MnPs基因保守区和已经扩增出的基因片段设计引物,以L.gibbosa CB1的基因组DNA和总RNA为模板,采用PCR、RT-PCR、RACE及染色体步移等方法,克隆到该菌株编码MnP2和MnP3的全长cDNA和DNA基因(GenBank登录号分别为JQ388597、JN571114;JQ411249、JN571116),分别命名为Lg-mnp2和Lg-mnp3.2个基因DNA全长分别为2869、3992 bp,都含有6个外显子和5个内含子;其启动子区域都含有TATA-Box、CAAT-Box、AP2、MRE等顺式作用元件,Lg-mnp2还含有AP1,Lg-mnp3还含有HSE;其cDNA基因分别含有50、52 bp的5′UTR,150、249 bp的3′UTR和1098、1101 bp的完整开放阅读框ORF,分别编码了365、366个氨基酸的蛋白质多肽前体(GenBank登录号分别为AFC37493、AFC37494),成熟的Lg-mnp2蛋白含有339个氨基酸,比Lg-MnP1蛋白(GenBank登录号为ACO92620)多1个氨基酸;成熟的Lg-mnp3蛋白含有340个氨基酸,比Lg-MnP2蛋白多1个氨基酸.