GPU加速的并行模拟退火算法在蛋白质预测中的应用

摘要

人类基因组测序工作初步结果显示,MSAPSO算法在求解蛋白质折叠问题时具有不错的求解精度,但是算法执行的时间开销却令人难以接受.针对此问题,使用CUDA编程模型在GPU上实现MSAPSO算法(CUMSA),利用GPU的计算能力,节省求解问题的时间成本.实验结果显示,CUMSA对4条测试序列求解得到的解的质量相对较高,由得到的解的构象图可知,CUMSA能够高效、正确地进行蛋白质折叠结构预测.