基于外壳蛋白基因序列的百香果CMV快速检测

摘要

为提高百香果黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)的检测效率,根据Gen Bank数据库中的CMV外壳蛋白(coat protein,CP)的基因核苷酸序列保守区域设计引物,在单一PCR检测体系的基础上,建立双重PCR检测体系.结果发现:样本中含有2个CMV的外壳蛋白基因序列,分别命名为PeCMV-LJ和PeCMV-1.测序结果显示,克隆的PeCMV-LJ和PeCMV-1重合片段只相差一个碱基,基因序列大小分别为619、301 bp;生物信息学分析显示,克隆的PeCMV-LJ和PeCMV-1片段与已报道的其他CMV分离物的一致性介于94.84%~97.58%;CMV的CP基因进化分析结果表明,百香果CMV与黄瓜CMV进化关系最近.利用3条百香果CMV的CP基因特异引物的设计,可同时检测病毒3个特异性位点,避免假阳性的产生,1对百香果EF1a内参引物的使用,可以检测百香果cDNA合成质量,避免假阴性的产生,整个检测过程可以在4 h内完成.综上,本研究建立的双重PCR体系能够用于CMV的快速检测.