大豆非同义SNP相邻碱基组分分析

摘要

单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括转换、颠换、缺失和插入.根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymous SNP,sSNP)和非同义cSNP(non-synonymous SNP,nsSNP).采用生物信息的方法对1453823条大豆ESTs数据中所包含的候选SNP进行挖掘,依据其编码蛋白的情况挖掘了1766个nsSNPs,并对这些nsSNPs分布规律及其附近的序列特征进行统计分析,分析表明只有在两侧碱基都为A或者T时,Ts/Tv的比值才会升高.由于突变位点上游第一个碱基无明显的频率偏差,故推测下游第一个碱基的频率偏差会导致Ts/Tv的比值升高,Ts中T的出现频率(-0.052)小于Tv中T的出现频率(-0.048),说明在突变位点下游第一个碱基T频率偏差与Ts/Tv的比值成反比.