斗鸡新城疫病毒DQ株融合蛋白基因序列分析

摘要

从越南斗鸡暴发的病例中分离出1株新城疫病毒(NDV),命名为贵州分离株(DQ).采用RT-PCR方法扩增分离株(DQ)的整个F基因片段,并将其克隆到pMD-18T载体中.序列分析结果表明,DQ株F基因分子长为1 662bp,编码553个氨基酸.该毒株与国内2株分离株(CH2000、TW2000)之间的亲缘关系较近,其核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.7%～96.6%和96.6%～96.8%;但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的核苷酸和氨基酸同源性仅为84.0%～86.5%和87.2%～89.9%.DQ分离株在F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112 R-R-Q-K-R-F 117,与NDV强毒株特征相符,且具有101处的K(赖氨酸)和121处V(缬氨酸)2个特征性氨基酸,与NDV基因Ⅶ型的特性完全相符.利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树表明该分离株为基因Ⅶd亚型.