基于二代高通量测序技术的新型冠状肺炎病毒S朊突变点分析

摘要

通过对美国华盛顿洲在2020年3至4月底爆发的新冠肺炎病人二代高通量测序数据分析,找出新冠病毒刺突糖蛋白(简称S朊)中存在的所有突变类型,为研究病毒在体内复制的突变规律及研究疫苗提供基础资料.利用NCBI中公布的130例美国华盛顿区报道的新冠肺炎病人二代高通量测序数据,进行序列组装,并对其朊编码基因进行深度突变分析,找出其潜在的疑似抗原变异位点(antigen variation,以下简称突变点).排除30条未获全长的数据,共获得100份病人完整的SARS-CoV-2序列,其S朊编码基因,主要突变点集中在S1区的SP区及受体结合区(RBD)之前的间隔区(突变区基本呈连续分布:126aa～153aa,194aa～204aa)和S2区的1250aa～ 1270aa区.100份样本的数据研究结果显示,新冠病毒S基因在病人体内复制过程中较为稳定,编码氨基酸的突变点(突变频率＞15％)呈单样本散在分布,且S2区较S1区更为稳定.未在新冠病毒的RBD区找到突变率＞20％的点,而S区散在零星突变区域主要集中在S1区间隔区(126aa～ 153aa,194aa～204aa处,且基本呈连续分布)和S2末端约20aa处.