3种粪便标本保存方法对肠道菌群检测结果影响的比较研究

摘要

比较3种粪便标本保存方法对肠道菌群检测结果的影响,为采集粪便标本后短期保存方法的选择提供参考.收集10名志愿者的新鲜粪便标本,对每份标本分别采用4℃、室温(25℃)、无水乙醇保存4h,然后统一放入-80℃低温冰箱冻存.随后进行细菌DNA提取,并对16S rRNA V4区基因进行扩增,应用IlluminaMiSeq平台进行高通量测序,比较3种保存方法下肠道菌群多样性和组成差异.结果 表明,3种保存方法下,肠道菌群在Alpha多样性方面无统计学差异(P＞0.05).肠道菌群属水平比较,毛螺旋菌属(Lachnospira)在无水乙醇组中相对丰度高于4℃组和室温组(P＜0.05),萨特菌属(Sutterella)在无水乙醇组中相对丰度高于4℃组(P＜0.05),而真杆菌属(Eubacterium)在无水乙醇组中相对丰度低于室温组(P＜0.05).PCoA分析发现,当UniFrac距离加权后,4℃和无水乙醇保存同一受试者粪便标本,菌群结果较为接近,而室温保存会导致个别受试者菌群出现离散现象.无水乙醇短期保存粪便标本,肠道菌群多样性、组成以及结构保持稳定,能满足不同研究的需要.此外,无水乙醇具备价格低廉、便于携带等优点.因此,在新鲜粪便标本不能立即低温冻存时,无水乙醇保存可以作为首要选择.