柯萨奇病毒B组3型基因组剪切片段的序列分析

摘要

柯萨奇病毒B组(Coxsackievirus B,CVB)感染细胞时其基因组RNA存在不稳定现象,但产生机制尚不清楚.本研究将柯萨奇病毒B组3型(CVB3)感染细胞后,利用5′cDNA末端快速扩增技术(5′rapid amplification of cDNA ends,5′RACE)扩增并克隆细胞内CVB3基因组片段,并对每条序列及其5′端的二级结构进行分析.结果获得的20条CVB3基因组片段,长度为2067～5547 bp,片段断端主要分布于2Apro和2C编码区.RNAfold分析显示,这些片段多数在5′断点端形成二级茎-环结构.本研究显示,CVB在宿主细胞感染时可形成大量不完整基因组RNA片段,这些片段可在5′断点端形成局部双链结构,提示片段不是随机产生,可能是RNA酶剪切产物.此发现有助于理解CVB基因组不稳定的机制.