基于NCBI核酸数据库资源的黑曲霉微卫星序列的筛选

摘要

为了筛选黑曲霉微卫星序列,丰富黑曲霉的基因组资料,从而为开发黑曲霉多态性高的微卫星标记提供参考,本研究利用生物信息学方法在黑曲霉基因组中查询微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量、丰度进行了研究.利用SSRHunter 1.3在长度为2704975 bp的黑曲霉基因组中找到了171个微卫星序列.结果表明:在黑曲霉微卫星序列所有重复类型中,以两碱基重复数目最多,为92个,占重复序列总数目的53.80％;其次是三碱基重复,为70个,占40.94％;再次是四碱基9个,占5.26％.在两碱基重复序列中,AG重复类型最多(24.56％),GC最少(1.17％).三碱基重复序列中,共发现10种重复类别,其中以ACC重复类型最多(7.01％),最少的是AAT,ATC和GCC,占1.75％.四碱基重复中,共发现8种重复类别,除GGAT重复序列为2个(1.17％)外,其他分别各有1个(0.58％).同时选取黑曲霉中二碱基的重复次数在七次以上的微卫星序列和三碱基的重复次数在六个以上的微卫星序列,利用Primer Premier5.0软件来设计引物,为后续微卫星标记的筛选奠定基础.