受损腺嘌呤与氨基酸残基堆积复合物的ABEEM极化力场

摘要

修复酶能特异性识别受损DNA,碱基与氨基酸残基间的堆叠作用是特异性识别的重要因素,遗憾的是目前没有精准的模型进行模拟.本文工作的最大贡献是在ABEEM极化力场基础上添加堆叠作用函数,调节相关π键位点参数,精准模拟受损腺嘌呤与氨基酸残基间的堆积作用.选取4种受损腺嘌呤与4种芳香族氨基酸残基堆积二聚体作为模型分子.以从头算的几何结构、电荷及堆叠能为基准,调节ABEEM极化力场参数,建立模型.ABEEM极化力场的模拟结果与从头算结果具有高度的一致性,可应用于DNA与酶作用体系的动力学模拟.为修复酶特异性识别受损DNA提供理论基础.