微卫星标记位点的分离及其在美洲剑线虫群体分类鉴定上的应用

摘要

在美洲剑线虫群体(Xiphinema americanum group)上,应用简并寡核苷酸引物聚合酶链式反应(DOPPCR)技术,克服了基因组DNA样本不足的难题,成功在微量基因组DNA条件下分离和标记了微卫星重复子(Microsatellite).研究中,目标DNA片段被克隆前,DOP-PCR产物首先被连接到载体上,然后通过寡核苷酸(CA)9和载体上游引物,对包含微卫星位点的左侧DNA片段进行PCR扩增,该过程后的产物用于克隆和DNA序列分析;依据已分析的部分左侧序列,设计引物并与载体下游引物一起,对DOP-PCR产物再进行PCR扩增,使包含整个微卫星及其右侧连接部分被扩增,重复克隆和DNA序列分析并结合已分析的左侧序列,获得了包含全部微卫星重复子的DNA片段的完整序列.这种分离含微卫星标记位点DNA片段的路径新颖、高效,有效克隆率提高到了93.3%.研究中,发现和分析了9个包含微卫星重复子的片段,美洲剑线虫(X.americanum sensu stricto)和美洲剑线虫亚群组(X.americanum subgroup)的标记性引物被设计和检测.