用推广的模拟退火算法研究HIV-1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接

摘要

推广的模拟退火算法是一种普遍的全局极小化方法 ,在目标函数自变量数目不很大时 ,计算效率较高 .首先将该算法应用于假想分子模型间的刚性对接 ,然后将算法应用于 HIV-1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接 .结果表明 ,该算法可以较高的效率查找到分子对接的最佳能量构型 ,对实际分子的计算结果与晶体结构非常接近 ,偏差为 0 .0 3nm