利用生物信息学方法预测survivin拮抗肽的性质和功能

摘要

目的:利用生物信息学方法对survivin拮抗肽(SP-1～SP-8)进行理化性质的预测及相似性的比较,为拮抗肽的结构与功能研究提供预测和帮助。方法:应用ExPASy数据库分析短肽的Mr、等电点、疏水性等理化性质。利用Blastp和SCOP等数据库对survivin拮抗肽进行相似性比较。结果:经ExPASy数据库分析8条拮抗肽中有6条呈碱性,且大部分呈亲水性,半衰期由1.0～30.0h不等。Blastp分析表明有几种拮抗肽与RNA多聚酶,转录调控因子的活性中心部分序列相似。SCOP分析结果显示有几种拮抗肽与ras结合蛋白(RBD)和CAD结构域相似。