基于新型冠状病毒3CLpro结构的小肽抑制剂虚拟筛选

摘要

新型冠状病毒仍在全球范围内传播,至今尚未有针对此病毒的特效药上市.为了找到对新型冠状病毒3-胰凝乳样蛋白酶(3 CLpro)具有潜在抑制活性的分子,以3CLpro晶体复合物结构(PDB ID:6LU7)为受体,运用分子对接方法对内部构建的由天然氨基酸构成的二肽分子库进行虚拟筛选.结合对接打分、自由能计算、分子有效性及相互作用模式分析,挑选具有潜在抗病毒活性的小肽分子,并对潜在活性分子进行药代动力学性质及毒性预测.结果 发现,3个小肽分子(氨基酸组成:YH,YN,TW)不仅与3CLpro结合口袋处His41,Cys145,Glu166,Gln189等关键氨基酸残基存在重要相互作用,而且无毒性且药代动力学性质合理,具备良好的成药性,可为抗新冠病毒药物研发提供先导化合物资源.